Slayer вернулась в студию для записи четвёртого студийного альбома. Новая запись сильно контрастировала с Reign in Blood: на этот раз группа решила снизить темп песен, вокал стал более мелодичным в сравнении с резкими криками с предыдущего альбома. Ханнеман вспоминал:
« Мы знали, что не сможем превзойти Reign in Blood, поэтому нам пришлось записать альбом с более медленными песнями. Мы знали, всё, что мы выпустим, будут сравнивать с Reign in Blood, и, помнится, мы обсуждали вариант со снижением темпа. Это было странным: мы никогда такого не делали, ни до, ни после того. »
Вышедший в 1988 году альбом South of Heaven встретил неоднозначные отзывы со стороны критиков и поклонников коллектива. Вместе с тем он стал самым коммерчески успешным альбомом Slayer на то время, дебютировав на 57 позиции чарта Billboard 200[13] и став вторым «золотым» альбомом группы по сертификации RIAA.
Для записи следующего альбома Slayer в 1989 году наняла сопродюсера Энди Уоллеса. Seasons in the Abyss, выпущенный в октябре 1990 года, был первым альбомом Slayer, изданным на новом лейбле Рика Рубина Def American (из-за разногласий продюсера с владельцем Def Jam Расселом Саймонсом). Пластинка дебютировала на 44 позиции в чарте Billboard 200 и в 1992 году получила сертификацию «золотой». На заглавную композицию был снят (возле пирамид в Гизе) второй клип Slayer. Что касается общей музыкальной направленности альбома, то Ханнеман утверждал, что для него «Seasons — это продолжение South of Heaven». Той же точки зрения придерживался и Керри Кинг, который говорил, что для него Seasons были тем, чем должны были стать South of Heaven.
В 1990 году группа отправилась в турне Clash of the Titans (англ.)русск., где вместе с Megadeth выступала уже в качестве одного из главных исполнителей, а не коллектива, «играющего на разогреве». В качестве «разогревающих» команд в европейской части турне выступили Suicidal Tendencies и Testament. Так как американский трэш-метал был на пике своей популярности в это время, тур был продлён в мае 1991 года, и вместе с Megadeth, Anthrax и Alice in Chains Slayer отправилась на гастроли в США.
В 1991 году коллектив выпустил двойной концертный альбом Decade of Aggression, таким образом отметив десятилетие своей карьеры. Пластинка заняла 55 позицию в Billboard 200.
В мае 1992 года барабанщик Дэйв Ломбардо покинул группу из-за конфликтов с другими участниками, а также из-за постоянной усталости, которую стал испытывать от бесконечного чередования студийных сессий и гастрольных туров. Дэйв основал собственную группу Grip Inc. с гитаристом Voodoocult Вальдемаром Сорыхтой (англ. Waldemar Sorychta), который позже сделает себе имя как продюсер альбомов Moonspell, Tiamat и Sentenced[10]. Что касается бывших коллег Ломбардо, то участники Slayer нашли ему замену в лице барабанщика Пола Бостафа, который за день до приглашения на прослушивание к Slayer покинул группу Forbidden. Slayer впервые появилась на сцене вместе с Бостафом в 1992 году на фестивале Monsters of Rock, собравшем в том году вторую по численности аудиторию в своей истории.
