После некоторых задержек (связанных с микшированием и обложкой) альбом God Hates Us All был выпущен 11 сентября 2001 года.
Группа впервые была номинирована на Грэмми за заглавную композицию «Disciple», но награду присудили коллективу Tool за «Schism». Из-за промоматериалов и даты выпуска альбом невольно ассоциировался с терактами 11 сентября 2001 года.
Террористические атаки поставили под вопрос возможность проведения турне «Tattoo the Planet», в котором первоначально должны были участвовать музыкальные группы Pantera, Static-X, Biohazard и Vision of Disorder. Концерты были отменены, либо отложены из-за ограничения перелётов, и большинство групп решили не участвовать в туре. К началу европейской ветви «Tattoo the Planet» остались только Slayer и Static-X. Pantera, Vision of Disorder и Biohazard были заменены на Cradle of Filth и другие группы в зависимости от места проведения концерта (Amorphis, In Flames, Moonspell, Children of Bodom и Necrodeath).
Барабанщик Пол Бостаф покинул Slayer перед Рождеством 2001 года из-за хронической травмы локтя, которая мешала ему играть. Однако для остальных участников группы было очевидно, что история с локтем не более, чем удобный предлог. Барабанщик оставил коллектив, но турне в поддержку God Hates Us All ещё не было закончено, и Керри Кинг связался с Дэйвом Ломбардо из «оригинального состава» Slayer и спросил, не желает ли тот помочь закончить турне. Ломбардо принял предложение и остался в группе на постоянной основе.
На протяжении осени 2003 года Slayer целиком играли альбом Reign in Blood на концертах, названных «Still Reigning». Кульминационным моментом было исполнение последней песни «Raining Blood» под искусственным кровавым дождём. Концертная видеозапись, записанная в Огасте 11 июля 2004 года, была выпущена на DVD Still Reigning. Slayer также выпустили DVD War at the Warfield и бокс-сет Soundtrack to the Apocalypse, в который были включены раритетные записи, концертный CD и DVD с различными выступлениями, а также атрибутика Slayer.
В период с 2002 по 2004 год Slayer сыграли более 250 концертов, были хедлайнерами крупных музыкальных фестивалей: H82k2, Summer tour, Ozzfest и Download Festival. Во время подготовки к Download Festival в Англии барабанщик группы Metallica Ларс Ульрих был госпитализирован с неизвестной болезнью и не мог выступать. Вокалист Metallica Джеймс Хэтфилд занялся поиском желающих занять место Ульриха в последние минуты перед концертом. Изъявили желание Дэйв Ломбардо и Джои Джордисон (из Slipknot). Дэйв исполнил песни «Battery» и «The Four Horsemen»
