Dream Theater известна своими каверами на произведения других исполнителей на протяжении всего периода существования группы. Они возвели эту практику на новый уровень в течение тура в поддержку альбома Six Degrees of Inner Turbulence. На трёх специальных выступлениях в Барселоне, Чикаго и Нью-Йорке они сыграли весь альбом Master of Puppets группы Metallica после того, как они завершали играть свой собственный материал[10]. Это было сюрпризом для фанатов, потому что не было никаких знаков, что это произойдёт. Возможно, это относится к одной из любимых групп Портного Phish, которая каждый Хеллоуин делала подобные выступления начиная с 1994 года. Портной назвал этот кавер альбома первым из серий выступлений в честь групп, которые оказали влияние на становление и развитие Dream Theater. Такие выступления разделили фанатов на тех, кому пришёлся по душе кавер альбома и тех, кто пришёл на концерт, чтобы послушать композиции Dream Theater, а не произведения других групп. Однако, другие говорили, что кавер — это дополнение к обычному концерту группы, а не его замена. К тому же, обычные выступления Dream Theater проводились за день до этих «особенных» выступлений.
В течение следующего тура группа сыграла кавер альбома The Number of the Beast группы Iron Maiden и получила ту же реакцию, что и на кавер Master of Puppets, хотя в этот раз было известно заранее, что группа будет исполнять кавер, потому что маршрут включал два выступления в одном городе. 11 октября 2005 года Dream Theater сыграли кавер альбома The Dark Side of the Moon группы Pink Floyd. На официальном веб-сайте Dream Theater была размещена информация о том, что вторая часть второго дня выступления группы в таких городах, как Амстердам, Лондон, Буэнос-Айрес, Сан-Паоло и Токио (11 октября, 25 октября, 4 декабря, 11 декабря и 13 января соответственно) и вторая часть выступления в городе Осака 15 января будут являться полными каверами классических альбомов. 25 октября группа сыграла кавер Dark Side of the Moon в Лондоне. Однако, в Буэнос-Айресе и Сан-Паоло Dream Theater сыграла свой альбом Metropolis Pt. 2: Scenes from a Memory, так как группа не посетила эти города в течение тура Metropolis 2000. В Токио и Осаке Dream Theater сыграли кавер на концертный альбом Made in Japan группы Deep Purple.
